"[...] si deux éléments s'alignent bien automatiquement, le troisième se superpose et ne veut pas s'aligner, alors que toute la zone est configurée ainsi."
C'est très probablement parce qu'il n'y a pas assez de place dans la zone de dépôt pour y aligner les éléments à glisser-déposer ! Quand ça déborde, ça se met un peu n'importe où. C'est à toi de bien calculer les dimensions des zones de dépôt par rapport aux éléments qui peuvent y être insérés (corrects ou incorrects).