Bueno, no te puedo decir exactamente por qué está pasando eso. Tendría que hacer algunas pruebas o investigar un poco más.
En cualquier caso, los mensajes intercambiados entre usuarios, desde la versión 3.5 (o algo antes) se encuentran en la base de datos, en la tabla mdl_messages.
No estoy seguro de que haya algún problema si se eliminan directamente los registros de esa tabla ... podrías hacer la prueba en algún otro Moodle de "laboratorio", que no sea el que tienes en explotación, claro.
Saludos
En cualquier caso, los mensajes intercambiados entre usuarios, desde la versión 3.5 (o algo antes) se encuentran en la base de datos, en la tabla mdl_messages.
No estoy seguro de que haya algún problema si se eliminan directamente los registros de esa tabla ... podrías hacer la prueba en algún otro Moodle de "laboratorio", que no sea el que tienes en explotación, claro.
Saludos