「Remove ルートノード "マイコース"」という設定項目は標準的なMoodleには存在しないようですが、もしかして、非標準ローカルプラグイン「Boost navigation fumbling」を独自にインストールされていますでしょうか?
[Moodle plugins directory: Boost navigation fumbling]
https://moodle.org/plugins/local_boostnavigation
「Remove ルートノード "マイコース"」という設定項目は標準的なMoodleには存在しないようですが、もしかして、非標準ローカルプラグイン「Boost navigation fumbling」を独自にインストールされていますでしょうか?
[Moodle plugins directory: Boost navigation fumbling]
https://moodle.org/plugins/local_boostnavigation