Hola Lucas,
aquí te explico dos maneras, quizás haya más:
- Crea una etiqueta con el mensaje que desees. Yo la haría bastante saliente, p.e. usando un tamaño de letra mayor y/o añadiendo alguna imagen, icono o emoji. Configura la visibilidad de la etiqueta de manera que solamente sea visible si se cumplen las condiciones que indicas. Creo que los alumnos la verán, pero no es un pop-up, sencillamente es un nuevo elemento.
- También puedes crear insignias. Estas sí aparecen como un pop-up.