Bonjour,
De base, la mise à jour de Moodle n'est pas compliquée.
Il faut juste bien faire attention à faire une sauvegarde de votre site avant, et bien lire les recommandations pour la version choisie.
Il peut y avoir des dépendances à respecter, comme la version de PHP.
Vous avez de la chance, pour le passage en 3.9, la version minimum demandée de Moodle est 3.5.
Donc pas besoin de mise à jour intermédiaire.
Vous trouverez le principe dans la documentation en français :
https://docs.moodle.org/3x/fr/Mise_%C3%A0_jour
ainsi que les notes de mise à jour pour la version 3.9 :
https://docs.moodle.org/3x/fr/Mise_%C3%A0_jour_%C3%A0_Moodle_3.9
Bruno