Muchas Gracias Rodrigo por la respuesta me sirvió para liberar espacio. Pero también deseo aportar seguramente a alguien le podrá servir.
He eliminado todo el contenido de un curso y no bajaba el espacio. Entonces seguí tu consejo pero no conseguía bajar mucho, luego configuré la papelera de reciclaje (Administración/Extensiones/Herramientas de administración/Papelera de reciclaje) para bajarle el tiempo de resguardo de los elementos y cursos. Ejecuté el cron manualmente y para finalizar ingresé al servidor para eliminar todo el contenido de la carpeta (temp y trashdir).
Con ello conseguí liberar el espacio y que se muestre el tamaño real de los cursos.