Hola, Paco.
No creo que sea ese el motivo, salvo que ambos cursos estuvieran relacionados (que uno tuviera matriculaciones como "meta-enlace" del que has borrado). ¿Qué sistema de matriculación tienes o tenías en un curso y otro? ¿Manual, auto-matriculación, base de datos externa ...?
Por otra parte, si vuelves a matricular a esa persona en el curso donde ha desaparecido, posiblemente recuperes sus mensajes, calificaciones y demás (eso último sería la configuración por defecto, pero puede no ser así en los ajustes de tu plataforma, para el tipo de matriculaciones que estéis usando).
Saludos