No entiendo a lo que llamas plantillas. ¿Te refieres a los Temas (Boost, Classic, Adaptable, Moove, etc.)?
Si es así, el aspecto visual del sitio no veo que esté relacionado con las plataformas de pago, así que tampoco entiendo tu pregunta.
Aparte de eso, existen extensiones (plugins) que puedes instalar en Moodle para conectar con algunas de esas plataformas, como PayPal (supongo que era eso lo que querías decir). Lo encuentras en el repositorio de plugins:
https://moodle.org/plugins/availability_paypal, aunque yo no lo he usado más que para probarlo.
Para Mercadopago no he visto ningún plugin en el repositorio, pero recuerdo que algunas personas han hablado de ello hace poco en esta Comunidad. Te sugiero que uses "Buscar en los foros" para encontrar todo lo que haya al respecto.
Saludos