Otra vez gracias Dios pude resolver yo mismo este problema. En ocasiones por más que configures los tiempos que moodle mantiene archivos basura las tareas cron no logra eliminar tantos datos en mi caso era 20 GB de basura, entre en SSH de mi vps y logra eliminar la basura de moodledata en la carpeta trashdir. También hay que verificar el funcionamiento de script de cron.
Si alguien tiene problemas de este tipo no dude en escribirme. En lo poco que he aprendido lo guio.
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