очистку кэша сделайте, должно очистить все временные файлы.
если прям из mdl_files нужно убрать, то попробуйте удалить этот плагин (предварительно скопировав его куда-нибудь) через интерфейс работы с плагинами, должны будут удалиться все файлы в базе. после этого нужно вернуть плагин на место, плагин снова установится.