Механизм добавления новых полей, добавляет поле в другой таблице. А мне нужно именно в mdl_user.
Добавление новых полей в любую существую таблицу - это и есть "дырка в стене", о которой я писал выше. Вы же не знаете, как другие модули считывают данные из mdl_user, и не нарушит ли их работу добавление новых полей в эту таблицу. Даже если в текущей версии это работает, то никто не даст гарантии, что оно будет работать в будущих версиях. Оно вам надо?
Поэтому, даже если такая необходимость возникает, разработчики рекомендую создавать отдельную таблицу и связывать ее с существующей. Но у вас такой необходимости нет, поскольку добавление новых полей в учетные записи реализуется стандартными средствами Moodle. Можно спокойно ходить через дверь, комфортно и без всякого риска. 
Да если добавляю на прямую в базу то перестаёт работать функционал системы. А если я добавлю поля через встроенный механизм не получается импортировать данные в эти поля 😭
А все получилось вы были правы, я оказывается упускал что для дополнительных полей нужно вставлять префикс в файле импорта. Спасибо большое!🙂