Hola Luis...
No se si cuando dices "el mundo Moodle es toda una élite de profesionales que les cuesta mucho trabajo explicar de manera sencilla" estás insultando, felicitando o qué 🤣, pero no creo que sea una afirmación correcta. De todas maneras, y para no quedarnos discutiendo al respecto, como Jose Luis de manera voluntaria y amable se tomó el tiempo de responderte, voy a complementar su respuesta, esperando ser claro, espero lograrlo porque me cuesta a veces explicar de manera sencilla 🤣🤓🤣.
Por lo que entiendo, el problema que tienes no es de Moodle, es la manera como está construido el paquete SCORM. Moodle proporciona un API que define SCORM en su especificación. De pronto te suena muy técnico pero básicamente eso lo que quiere decir es que Moodle cumple con lo que SCORM pide, así que la información que se almacena depende del paquete SCORM que hayas publicado y no de Moodle. A propósito, Moodle trabaja con SCORM 1.2 (no se si cuando escribiste 2.1 te referías a esa versión).
Sobre lo de HotPotatoes, hay un módulo para Moodle que los permite directamente, ahí te funcionaría sin problemas con las calificaciones. Hasta donde se, HotPotatoes también puede trabajar directamente con SCORM (https://hotpot.uvic.ca/howto/scorm.htm). No se cómo mezclaste eXeLearning y HP en el paquete SCORM pero eso va más allá de que simplemente se vea o sea funcional, al unirlos debes estar seguro que el paquete está enviando la información a Moodle, de lo contrario solamente tendrás información del registro de avance de cada SCO (un SCO es cada una de las páginas del paquete). De pronto no encuentras información al respecto porque estés buscando en documentación de Moodle, pero yo creo que debes buscarla en documentación de eXeLearning o del mismo HP.
Sobre eXeLearning, a mi me parece una excelente herramienta, sobre todo para las personas que no tienen los conocimiento técnicos para integrar un SCORM manualmente, pero hasta la última vez que lo usé tenía una limitación y es que las actividades no las reportaba como calificaciones independientes, no se si eso ha cambiado pero, si no es así, quizá el problema es ese, que la calificación solamente está controlada por la navegación y no la realización de las actividades.
Saludos