поле objectclass позволяет настраивать более точный фильтр, выражениями вида (&(objectClass=user)(enabledMoodleUser=1)).
вы можете всех пользователей, которым нужен доступ в moodle внести в соответствующую группу, и в фильтре указать членство в группе.
можете создать вообще отдельный атрибут, расширив схему ldap, и выбирать только пользователей с этим атрибутом.
Но вариант просто перечислить все контейнеры всё-равно самый простой. ограничений на длину поля настроек нет, поэтому вы сможете запихать туда список контейнеров любой длины.
но можете и скрипт переписать, только это не совсем в нём находится, а в auth\ldap\auth.php, все места, где упоминается $this->config->contexts