Yoshida様、いつもありがとうございます。
フラットファイル用の記述を行っていますが
自動的に削除が行われずに残り続けている状態ですね。
Moodle cronも5分間隔で実行しており、
今回に関してはフラットファイルを置いた後に
手動でphpコマンドでも実行していますが
cron.phpを実行して、処理は流れていますが
フラットファイルは消されない状態で残り続けています。
delの記述を行っていますが、該当のコースのユーザ削除も
行われない状態です。
Moodle 3.8.3+ (Build: 20200522) でフラットファイルによるユーザ一括登録解除を試してみましたが、プログラム修正前および修正後ともに正常動作しないようです。
代わりに以下の手順で手動登録解除されてはいかがでしょうか。