Bueno, la versión 3.2 es un poco antigua ya y puede ser que tuviera algún fallo (bug) en ese sentido.
Si la matriculación es por base de datos externa, ¿tenéis programado un script en el servidor para sincronización de las matriculaciones cada cierto tiempo?
Es que pudiera estar ocurriendo que esa sincronización periódica no siempre terminara correctamente (por ejemplo, si el tiempo de ejecución de scripts se agota) y algunos alumnos quedaran desmatriculados provisionalmente, con lo que desaparecerían de los grupos en que estuvieran. Sin embargo, podrían volver a estar matriculados en otra sincronización posterior, o cuando ellos se identifican con su usuario y contraseña ... Volverían a estar matriculados de nuevo, pero no estarían en ningún grupo, claro.
Yo revisaría con mucho detenimiento los registros del curso y de esos alumnos en particular, para ver si se detectan estos pasos de desmatriculación-matriculación.
Saludos