В базу данных лучше не вмешиваться если на 100% не уверены в своих действиях. В правильно работающей системе в этом необходимости не возникает.
Обычно я такие задачки решаю так. Устанавливаю новую, свежую систему, которая работает как надо. Потом сравниваю ее с проблемной и ищу отличия в поведении и настройках.