Можно ли сделать доступ к темам только по ссылкам, чтобы они не отображались на самой странице курса у студентов?
А на главной странице курса было только оглавление?
Сейчас студенты могут просматривать не все темы, а только те, к которым имеют доступ (текущие и пройденные), поэтому скрывать от них темы через видимость не вариант.
вы же можете их скрывать эти курсы
В настройках курса -Формат - Представление - Один раздел на странице.
Не подходит - ищите другой формат курса: https://moodle.org/plugins/?q=type:format
Не подходит - ищите другой формат курса: https://moodle.org/plugins/?q=type:format