Ошибки ушли после очистки кеша через администрирование. Курсы стали очищаться после удаления элементов Задание. Видимо в системе хранились отзывы в виде Аннотирование PDF. Но в нашей экстренной ситуации (примерно так - сегодня объявили карантин, послезавтра надо уже учиться дистанционно) из moodle пришлось сделать "файлообменник", хотя я понимаю, что это неправильно. У большинства, я думаю проблема также в этом, и надо удалять элементы Задания (если они ещё нужны, можно поставить их обратно и убрать отзывы в виде Аннотирование PDF, и не забыть сделать экспорт, а потом импорт оценок) или удалять курсы полностью, не забывая сделать копию курса и хранить ее до проверок. Делаю сейчас так и память очищается очень хорошо. Спасибо вам за ваши ответы.