Bonjour,
Dans les plugins recensés sur moodle.org, il existe celui-ci, PDF Annotation, qui semble répondre en partie à la question.
Après il doit être possible, via les activités de groupe de limiter l'accès du document à tel ou tel participants.
Jérôme.
edit : la notion de groupe n'est pas programmée dans cette activité (aucun plan pour le faire)