Je (doufám) bezpečné je smazat?
Ano, mělo by. Pokud máte možnost a preferujete konzervativnější přístup, odstraňujte pouze soubory několik dní staré.
Nicméně, zaráží mě, že to vůbec musíte řešit. Jak velké ty adresáře máte? A ve kterých adresářích uvnitř "moodledata/temp" toho máte nejvíc? Na našich produkčních serverech je obsah těchto adresářů řádově v desítkách MB. Některé moduly (např. Certifikát) tam toho mají více (zde např. vygenerovaná PDF). Ale osobně bych to nenazval neúměrným balastem...