Ciao Walter,
non ho mai avuto il piacere di un Hosting su Aruba quindi mi limito a dirti cosa so di per certo :
se moodle è funzionante la cartella moodledata deve per forza esistere da qualche parte
Si, confermo: alla fine della installazione in quella cartella sono generate per esempio la tua sessione, le cache interne e tutta la cache del tema grafico.
è possibile che se la cartella moodledata non è correttamente creata/configurata i file dei corsi vengano salvati in qualche tabella direttamente nel database?
No, non è possibile: la moodledata è una area esclusivamente sul file system locale del server dove si è fatta l'installazione, solo "successivamente" è possibile delocalizzare anche non su file system alcune - non tutte - sue sotto cartelle.
HTH,
Matteo