No has comentado qué versión de Moodle estás usando, pero en las versiones actuales se pueden renombrar los usuarios mediante CSV si se incluyen los campos adecuados. En concreto, en el archivo CSV tienes que incluir "oldusername" y "username" (este segundo será el nuevo nombre de usuario).
Tienes información detallada aquí: https://docs.moodle.org/38/en/Upload_users#Updating_users_preview
Y al momento de subir los datos, debes asegurarte de usar esta configuración:
