Эти папки можно удалить вручную, работу сайта не нарушит. Но учтите, что папки снова появятся и наполнятся новым кэшированным содержимым: сообщения форумов, тексты ресурсов, описаний и т. п.
https://docs.moodle.org/38/en/Cache_definitions#HTML_Purifier_-_cleaned_content