>> Кодировка таблиц:
Это где такая каша из кодировок? В таблицах базы Мудл?
Конвертация описана в интернете, например: https://profiphp.ru/useful/utf8mb4.html
>> Одного admin/cli/mysql_collation.php хватит для полноценной конвертации?
Я не могу вам этого сказать, потому что не знаю, что у вас с базой данных, таблицами и т. д.
Прочтите $help в самом скрипте mysql_collation.php, запустите его с опцией --list (или -l), скрипт покажет, нужно ли что-то делать. Перед этим нужно разобраться с «кашей».
Я после обновления с 1.6 до 3.8 (естественно, поэтапного, по мере выхода новых версий Мудл) всегда проверял схему БД, устанавливая локально «чистую» версию Мудл и сравнивая её БД с БД своего сайта. Использую Navicat Premium