Восстанавливаю по разному, обычно это ранее созданный дамп через phpmyadmin. Если есть контрольная точка, то возвращаю её.
Спасибо, поработаю в этом направлении. Посмотрю в сторону munin.
Про cron вы возможно правы ибо база ломалась даже когда сайт был закрыт на тех. обслуживание. Попробую его пока отключить на субботу и буду запускать вручную.
Вообще на сервере 4 GB памяти, делал и 6, тоже были проблемы. Думал что этого достаточно, но теперь понимаю если не настроен оптимально mysql и php то ни сколько не хватит, точнее если не правильно настроен.