Bonjour,
Difficile comme tâche de reprendre un existant, s'il n'y a pas eu un un transfert d'informations minimum.
Concernant la taille du répertoire, vous pouvez déjà regarder concrètement dans le dossier data de Moodle quels sont les répertoires qui occupent le plus de place.
Concernant l'erreur 500, il faut regarder dans les logs du serveur web (apache?).
C'est un erreur interne du serveur : une mauvaise URL, un fichier introuvable, ... c'est une erreur très générale au niveau d'apache
Concernant les fichiers orphelins, vous pouvez trouver des discussions à ce sujet sur le forum
exemple : https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=379059
Pour la suppression des cours et éviter d'éventuels fichiers orphelins, commencez par réinitialiser le cours avant de le supprimer.
De cette façon, vous faîtes déjà un nettoyage des données du cours (devoirs déposés, forums, inscriptions, etc ...)
Pour les sauvegardes automatiques, vous pouvez par exemple commencer par relancer le processus, en réglant vos sauvegardes automatiques sur :
Surpprimer les sauvegardes plus anciennes que : 2 jours
Nombre minimale de sauvegardes conservées : Aucun
Il ne devrait vous rester que peu de sauvegardes
Après, je ne sais pas quels sont vos possibilités sur l'administration du serveur.
Votre serveur n'est visiblement pas énorme (70 Go de data)
Une bonne solution serait de repartir "à blanc"
c'est-à-dire :
sauvegarder les cours que vous souhaitez conserver
installer une nouvelle plateforme
importer les cours sauvegardés
cela vous permettrait de démarrer avec une plateforme dont vous êtes sur du fonctionnement.
Bruno