В резервной копии курса указано, в какой секции (разделе = теме = неделе) расположен каждый элемент курса (ресурс или деятельность). Поэтому при восстановлении в существующий курс каждый элемент курса попадает в свою секцию. Следовательно, если вы хотите избежать перемешивания в одной секции элементов двух разных курсов, то в исходном курсе необходимо перед восстановлением очистить нужное количество секций, передвинув имеющиеся секции вниз.
В прежнем формате бэкапа перед восстановлением можно было просто исправить номера секций в xml-файле, но нынешний формат мне представляется более запутанным, поэтому успех такой процедуры не гарантирован, но можете попытаться. Поищите теги <section>, <sectionnumber>...