Hola, Jesús.
Si el curso está "oculto" para los alumnos, los alumnos no pueden usar la auto-matriculación porque, simplemente, no tienen acceso a él.
Lo que puedes hacer muy fácilmente es que el curso esté "visible" (y así los alumnos se pueden automatricular) pero una vez dentro del curso, todos los recursos y/o actividades estén ocultos hasta que se cumpla una determinada condición, por ejemplo, la fecha de comienzo. Bueno, yo dejaría visible alguna etiqueta o texto explicativo para que los alumnos sepan que se han matriculado correctamente al curso, pero que no ven los contenidos hasta tal día, o lo que sea que quieras explicarles.
Saludos.