Si al crear un curso nuevo no especificas nada más, se toman los "Ajustes por defecto del curso", que puedes configurar aquí:
Administración del sitio > Cursos > Ajustes por defecto del curso
... seguramente que en tu caso el "Número de secciones = 1", pero lo podrías cambiar.
No obstante, si quieres que cada nuevo curso tenga ya algunos aspectos predefinidos, sin tener que partir de cero cada vez, te sugiero que te crees un "curso plantilla" (o "template") con todos esos elementos comunes.
Después, al "Subir cursos" por CSV podrás usar la opción para "Restaurar a partir de este archivo después de la carga" (usando un backup del curso plantilla) o "Restaurar de este curso después de subirlo", si pones su nombre corto.
No hace mucho tiempo comentamos este tema en otro hilo del foro: https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=382398
Saludos.