Pues, no tengo instalada ninguna versión 3.6.X, pero imagino que habrá cambiado muy poco, ya que desde versiones tan antiguas como 2.1.X ya se encontraban en la misma ruta las configuraciones de los Temas.
Tal como te comenté, por ejemplo para el tema Academi, con Moodle 3.5.X la ruta es:
Página Principal \ Administración del sitio \ Apariencia \ Temas \ Academi > pestaña General > CSS personalizado
Para el tema Klass, con Moodle 3.5.X, la ruta es:
Página Principal \ Administración del sitio \ Apariencia \ Temas \ Klass > pestaña General > CSS personalizado
Para el tema Clean, con Moodle 3.1.X, la ruta es:
Página Principal \ Administración del sitio \ Apariencia \ Temas \ Clean > CSS personalizado (Aquí no hay pestaña)
No conozco exactamente la ruta de configuración del tema Moove, pero no debe variar mucho del resto de temas.
A ver si este hilo de los foros en inglés te sirve de ayuda: https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=381097
Saludos.
JP