В каждом блоке есть ряд настроек(появляется при включенном режиме редактирования), одна из них "где отображать этот блок", в зависимости от контекста где был добавлен блок можно влиять на его отображение. Например блок который создается в категории можно отображать на всех курсах входящих в неё (нажимая на вопрос возле настройки сможете узнать подробнее). В контексте Системы, отображаться блок будет на всём сайте. Попробуйте по изменять эти настройки.
Еще есть в администрирование знаю "управление блоками", сможете найти по поиску, точно не помню где расположена эта настройка.