А moodledata есть в наличии? Как файлы курса восстанавливать?
При наличии moodledata никаких проблем нет. Восстановить весь сайт и сделать резервную копию нужного курса
Попробуйте восстановить сайт с пустой папкой moodledata. Возможно вам удастся сначала сохранить, а потом восстановить нужный курс хотя бы частично. Это зависит от того, какие именно элементы в нем содержались.