Encontre la Solucion!
La dejo por aqui por si a alguien le interesa...(Igual es un poco chapucera)
En cada sitio que quieres cambiar, en este caso Colums1.php y colums2.php .. Al final del todo tiene una linea que es lo que renderiza todo...
En mi casao solo hay que cambiar esa linea por
if(is_siteadmin()){
echo $OUTPUT->render_from_template('theme_boost/columns2', $templatecontext);
}else{
echo $OUTPUT->render_from_template('theme_boost/columns2Estudiante', $templatecontext);
}
y Editar el archivo que queramos...
en mi caso querian quitar la "Hamburgesa" de la navbar... Con lo cual he modificado el archivo navbar.mustache, y creando uno que se llame navbarEstudiante.mustache
(Para que Muestre el navbar que hemos creado solo hay que cambiar la linea -->
{{> theme_boost/NuestroNavbarPersonalizado }}
)
y quitar el footer... que solo era Eliminar una linea de Columns2.mustache
Espero que si alguien lo necesite le sirva de ayuda!
Un saludo.