Problemas Generales

Wow, migrar 4000 cursos uno por uno es un lindo trabajo. Pero volviendo a tu pregunta, una solución es en un entorno de desarrollo hacer la migración paulatina de versiones hasta llegar a la 3.4.3, y de ahí migras al moodle 3.7 de producción.
Allí los cursos que tengas problemas podrás tratarlos individualmente.