ご回答頂きありがとうございます。
返信が送れてしまい申し訳ございません。
>コースページ内の「管理 > コース管理 > 設定を編集する」ページで「コース可視性」を手動で「非表示」にする以外、
>コースを非表示にする方法はありません。
やはり自動で変わるということはないのですね。
>何らかのタイミングで別システムから
>Moodleのコーステーブル (mdl_course) のコース可視性に関わるカラム (visible) に「0」を設定されていませんでしょうか？
別システムから直接Moodleのテーブルを弄ることはせずにMoodleAPIを使ってコース内容の更新等行っていますが
そのMoodleAPIを使用している処理が誤作動を引き起こしてこのような現象が起きているとしか考えられないような気がしてきました。
別システムのほうの原因として切り分けて引き続き調べてみることにします。
どうもありがとうございました。