Fala, Alberto.
O que eu te recomendaria é fazer o upload dos arquivos de dentro do Moodle, que é a forma como ele é feito para ser utilizado.
Pelo o que eu entendi, você está pegando o link dos arquivos do seu servidor (por exemplo: https://www.seusite.com.br/arquivos/cursoX/teste.xlsx) e colocando-os no Moodle.
Desta forma, o local em que o link está pouco importa, pois ao clicar nele é direcionado para o arquivo da mesma forma.
Portanto, não sei bem como o Moodle poderia influenciar na questão.