Hola, Ivan.
Si en una plataforma se prefiere que no haya papelera de reciclaje, se puede deshabilitar sin más problemas:
Administración del sitio > Extensiones > Herramientas de administración > Papelera de reciclaje
Lo que pasa, tengas habilitada la papelera o no, es que el "cron automático" es fundamental en cualquier plataforma Moodle actual. Lo indica muy claramente en la documentación: https://docs.moodle.org/all/es/Cron
Saludos.