файл users.php в папку enroll
Зачем? Нужно изменения держать где-то «на бумажке» и потом переносить их в новые файлы. Вот вы знаете/проверили, есть ли разница в этом файле в версиях 3.1 и 3.6? А переносите старый файл, потом ничего не работает.
в каталоге Moodle были обнаружены скрипты, по меньшей мере, двух основных версий Moodle
version.php точно от новой версии? Или где-то в модулях/плагинах старый файл version остался.
какие дальнейшие действия?
Сто раз писалось уже: при обновлении нужно полностью удалить все старые файлы/папки (кроме config.php), загрузить файлы новой версии. Отсутствующие нестандартные плагины установить можно в процессе обновления, некоторые Мудл сама предложит скачать/установить, остальные - вручную.