Hola, Katherine.
No entiendo bien eso que dices de las "dos opciones", ya que el sistema calificador de Moodle te permite configurar los cálculos de múltiples formas y, por supuesto, se pueden ponderar de forma diferente los resultados de diversas actividades. También es muy útil la posibilidad de establecer "categorías" de calificación para obtener resultados parciales del curso, además de los finales.
Al ser un sistema tan completo, puede ser un poco complicado de iniciarse en él (más allá de usar los valores "por defecto"), pero te sugiero que revises la documentación oficial, empezando tal vez por aquí:
- https://docs.moodle.org/all/es/Configuraciones_de_calificaci%C3%B3n
- https://docs.moodle.org/all/es/C%C3%A1lculos_de_calificaci%C3%B3n
- https://docs.moodle.org/all/es/Categor%C3%ADas_de_calificaci%C3%B3n
Saludos.