Hola, Gustavo.
Hasta donde sé, milaulas no te permite autoinstalar Moodle. Te dan el espacio con Moodle ya instalado y tú, como usuario, tienes ciertos privilegios para modificar algunas cosas. Ahora, la administración del sitio, sí corre de cuenta del usuario.
Pero, desde un sitio web tipo Wordpress... creo que no sería posible. Wordpress te ofrece un espacio para un blog o página web.
Creo que habría que montar un servidor dedicado con los servicios necesarios (web, php, base de datos, cron, etc.) y en él podrías configurar servidores web virtuales con cada subdominio, a los que podrías dar acceso a los clientes mediante algún administrador tipo Cpanel, Plesk, etc. para modificar parámetros de sus servicios, y poderse autoinstalar su propio Moodle y gestionárselo él mismo.
Esto es un hosting compartido como el que te ofrece cualquier proveedor tipo 1and1 o Godaddy.
También podrías entregar el Moodle instalado ya en ese 'hosting' sin dar acceso al cliente a la configuración de su sitio, sino únicamente a la administración de su Moodle, como hace milaulas. Para esto habrás de establecer políticas de backups, recuperación de datos, reinstalación de Moodle, espacio y recursos del sistema suficientes en función del contrato, como hace milaulas.
El dimensionamiento del servidor irá en función de la previsión de clientes que vayas a alojar en él. O tener separados dos servidores, donde uno serviría las BBDD y el otro los frontends. También podrías establecer un sistema de clúster.
Saludos
JP