環境を用意するのに時間がかかり遅くなりました。結論から言えばWindows + XMAPP版PHP7.1の組み合わせで起こる不具合が原因でした。
XAMPP 7.1.26で確認したのですが、下記ブログ記事にあるとおり fgetcsv() で日本語などが含まれると正常にカンマなどの区切り文字を認識できないためカラム数がおかしくなりエラーとなっています。
http://iamapen.hatenablog.com/entry/2017/08/10/134224
対策としては lib/csvlib.class.php の load_csv_content() 内に setlocale(LC_CTYPE, 'C'); を追加してやれば解消できるようです。エンコードの選択やphp.ini の設定では回避出来なさそうです。PHP 7.2以降のXAMPPではどうなるかは未確認です。