как очистить старые сообщения
До версии Мудл 3.6 через сайт - никак, только прямое вмешательство в таблицы БД.
В 3.6 появилась возможность каждому пользователю удалять сообщения и настройка в админке сроков хранения уведомлений (messagingdeletereadnotificationsdelay и messagingdeleteallnotificationsdelay). Всё, остальное опять через БД.