Ciao Carlo,
innanzitutto sarebbe meglio spostare il DB su SSD perché per quanto il core di Moodle faccia query quasi tutte ben indicizzate capitano comunque dei gran table scan che su magnetico non sono il massimo.
Detto questo i 4GB potrebbero essere pochi - quante istanze hai e che cosa servono come attività? Quiz? Con che concorrenza di utenti? - : riesci a recuperare i log precedenti al taglio che ho postato?
Giusto per capire se effettivamente MySQL si è spento ma lentamente rispetto allo start successivo di cui nel log che hai postato e effettivamente i file erano lockati dallo shutdown ancora in corso.
HTH,
Matteo