Ciao Carlo,
dai tuoi log il problema sembra diverso da quanto ipotizzavo, intanto perché trattasi di "vero crash" del DB Server:
2018-12-21 16:02:59 21562 [Note] InnoDB: Check that you do not already have another mysqld process using the same InnoDB data or log files.
2018-12-21 16:03:00 21562 [ERROR] InnoDB: Unable to lock ./ibdata1, error: 11
2018-12-21 16:03:00 21562 [Note] InnoDB: Check that you do not already have another mysqld process using the same InnoDB data or log files.
2018-12-21 16:03:01 21562 [ERROR] InnoDB: Unable to lock ./ibdata1, error: 11
2018-12-21 16:03:01 21562 [Note] InnoDB: Check that you do not already have another mysqld process using the same InnoDB data or log files.
2018-12-21 16:03:01 21562 [Note] InnoDB: Unable to open the first data file
2018-12-21 16:03:01 7fb83f4fe720 InnoDB: Operating system error number 11 in a file operation.
InnoDB: Error number 11 means 'Resource temporarily unavailable'.
InnoDB: Some operating system error numbers are described at
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/operating-system-error-codes.html
2018-12-21 16:03:01 21562 [ERROR] InnoDB: Can't open './ibdata1'
2018-12-21 16:03:01 21562 [ERROR] InnoDB: Could not open or create the system tablespace. If you tried to add new data files to the system tablespace, and it failed here, you should now edit innodb_data_file_path in my.cnf back to what it was, and remove the new ibdata files InnoDB created in this failed attempt. InnoDB only wrote those files full of zeros, but did not yet use them in any way. But be careful: do not remove old data files which contain your precious data!
2018-12-21 16:03:01 21562 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
2018-12-21 16:03:01 21562 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
2018-12-21 16:03:01 21562 [ERROR] Unknown/unsup
2018-12-21 16:03:01 21562 [ERROR] Aborting
Sembra infatti che qualcos'altro stesse bloccando l'accesso ai file e che MySQL non abbia potuto fare altro che spegnersi.
Servirebbe un po' di log precedenti a questo avvenimento per capire se il sistema ha provato a restartare MySQL cioè senza aspettare lo stop abbia istruito subito uno start da cui l'impossibilità della seconda istanza di accedere ai file ancora bloccati dallo spegnimento della prima o... altro avvenimento che forse solo i log possono aiutaci a capire (forse servirebbe poi relazionarli con altri log di sistema).
Potrebbe infatti anche essere che il kernel abbia deciso di "ammazzare" il processo "mysqld" perché stava consumando troppa RAM, perché magari hai fatto tuning del DB server "senza considerare" i vincoli fisici dell'HW che lo ospita.
Oltre ai log farebbe comodo sarebbe sapere qualcosa di più del server che ospita MySQL tipo OS, RAM e tipologia dei dischi.
HTH,
Matteo