Hola, Jesús.
Efectivamente, Moodle tiene mecanismos de limpieza automáticos que se ejecutan periódicamente (con el "cron"), y por eso hay ajustes de configuración de la plataforma para especificar el tiempo que se mantiene el historial de diversos elementos.
Así, suponiendo que tengáis una versión actualizada de Moodle y que tenga configurado "Log estándar", una de las cosas a revisar es:
Administración del sitio > Extensiones > Logging > Log estándar > "Mantener registros para ..."
Para el caso de los mensajes enviados entre usuarios, el límite para borrarlos está en:
Administración del sitio > Características avanzadas > "Eliminar las notificaciones ya leídas"
Revisa esos valores y ya nos comentas.
Saludos.