Pues sí parece extraño, por lo alto que es el número de preguntas, pero no imposible.
Yo lo primero que haría es acceder a la base de datos a ver si de verdad hay tantas preguntas o puede ser algún fallo de la versión de Moodle que tenéis funcionando. Bastaría con acceder a la tabla "mdl_question" y revisar tanto el número de filas como el "id" de las últimas de la tabla.
Por otra parte, los sistemas automáticos de limpieza de tablas (información obsoleta) y optimización requieren que el "cron" se ejecute de forma regular y frecuente. ¿Habéis comprobado que es así en vuestro servidor?
Saludos.