Можно ли как-то сделать так, чтобы при загрузке файла, по
умолчанию в настройках этого файла стояла настройка:
Только для swf - нет, для всех файлов - настройки здесь: / Администрирование/ Плагины/ Модули элементов курса/ Файл, Способ отображения.
Но даже если Вы для всех файлов этот способ настроите, файлик swf будет скачиваться в большинстве современных браузеров - это политика браузеров в отношении флеш-роликов.
Хотите, чтобы swf открывался на сайте, помещайте его на страницу
Спасибо большое!