Hola Mario, pues yo hice lo siguiente, espero le sirva como a mi:

1. Crear una carpeta que contendrá todos los archivos del Login php con los campos necesarios (user, password) imagino que eso lo tiene listo, solo me aseguré que el input del usuario se llame username y el input del password se llame password. y con un submit como debe ser.

2. Coloco dicha carpeta ya sea dentro del directorio donde esta instalado el moodle o por lo menos en el mismo contenedor Web que el moodle.

3. Dentro de moodle me fui a "Administración del sitio > Plugins (extensiones) > Identificación > Gestionar identificación" ya ahí en esa opción bajando en esa página se encuentra un campo llamado URL de acceso alternativo y es ahí donde pongo la dirección exacta a donde está mi archivo de login.php (../login.php) por último se guardan los cambios en la parte final de la página y listo.

Otra forma es hacerlo desde el archivo config.php de su moodle, agregando la siguiente línea:

$CFG->alternateloginurl = '(dirección del archivo)/login.php';