Per quanto riguarda la distribuzione di Linux migliore, sinceramente, direi che per Moodle non ce ne sia una particolare.
Magari stai su una di quelle diffuse (Mandriva, Suse, Debian...) così trovi più facilmente gli aggiornamenti già impacchettati.
L'importante è che installi (e aggiorni) i componenti principali:
Apache
PHP + i moduli che servono
MySQL o PostgreSQL come DB
Tutti questi sono presenti praticamente in tutte le distribuzioni Linux.
Dato che parli di un gran numero di utenti, come DB consiglierei spassionatamente PostgreSQL invece di MySQL.
E' molto più "robusto" ed ha un'amministrazione da db "serio"
(non me ne vogliano i sostenitori di MySQL).
Per quanto riguarda il dimensionamento dell'hardware ho visto che Moodle è abbastanza leggero. Un PC di categoria server (meglio se biprocessore) non dovrebbe avere problemi.
In ogni caso il RAID è quasi d'obbligo, per ragioni di continuità di servizio.
Se hai la possibilità, ti consiglierei di evitare i normali PC, ma utilizza un hardware classe server: qualunque cosa possano dire, sono un'altra cosa in termini di affidabilità (e anche di costi, ovviamente).
Spero che fossero queste le cose che ti potevano servire