Сильно зависит от того - какие поля заполнены в глобальной группе и как глобальная группа используется, особенно это касается поля идентификатора. Привязка студента к группе идет по полю id в когорте и с этим проблем нет, там две таблицы увязаны через cohort_users (кажется так называется), а вот если привязка к курсам через глобальную группу, то там наворочено.
Я бы пошел другим стандартным мудловым путем - через работу с csv файлами, можно выгрузить весь контингент с глобальными группами (запросом через phpmyadmin, т.к. стандартная выгрузка глобальную группу не выгружает), потом в экселе переделать этот файл на нужные глобальные группы и загрузить обратно контингент с другими глобальными группами, модифицируя существующие учетки.
Глобальные группы новые привязывать к курсам тоже через csv файлы, потом надо будет также через csv убить старые когорты.